Le Canada est déterminé à poursuivre de nouvelles occasions d'approfondir les échanges et la coopération économiques avec le Japon. Durant sa visite au Japon en mars 2012, le premier ministre Harper et le premier ministre d'alors M. Noda ont annoncé le lancement de négociations visant à conclure un accord de partenariat économique (APE), ou accord de libre-échange (voir communiqué de presse: Le PM annonce le lancement de négociations de libre-échange avec le Japon). Cette annonce historique faisait suite à la publication du "Rapport de l'étude conjointe sur la possibilité d'un accord de partenariat économique Canada-Japon" le 7 mars 2012.
En plus de discussions sur le libre-échange, les hauts fonctionnaires canadiens et japonais se réunissent pour des consultations régulières dans le cadre des activités du Comité économique mixte (CEM). L'un des documents fondamentaux qui jettent les bases d'une coopération bilatérale en matière de politique économique et commerciale est le "Cadre économique Canada-Japon" signé en 2005.
Les relations Canada-Japon reposent sur des liens politiques, économiques et culturels soutenus par des valeurs communes et une estime réciproque. Aujourd'hui, le Canada et le Japon sont partenaires au sein de nombreux groupes et organismes internationaux, y compris le G8, le G20, l'APEC, le Forum régional de l'ASEAN, et l'OCDE. Le Canada et le Japon sont fermement engagés à assurer une vitalité économique soutenue, des relations politiques coopératives, et le développement dans la région Asie-Pacifique.
Les relations commerciales et économiques entre le Canada et le Japon sont en progression constante. Avec un produit intérieur brut de 5,8 billions de dollars, le Japon est la troisième puissance économique mondiale et l'un des plus importants partenaires économiques et commerciaux du Canada.
Le Japon est de loin le plus important partenaire bilatéral du Canada en Asie en matière d'investissements étrangers directs (IED). Les IED du Japon au Canada totalisaient 12,8 milliards de dollars en 2011, provenant d'approximativement 330 filiales et sociétés affiliées d'entreprises japonaises qui sont actives au Canada et emploient des dizaines de milliers de Canadiens. Les investissements canadiens au Japon sont également considérables et diversifiés puisqu'environ 90 entreprises canadiennes disposent d'une présence permanente au Japon, principalement dans les secteurs de l'automobile, des TIC, des services financiers, et de la sylviculture. Le stock d'investissement direct du Canada au Japon s'élevait à 8,4 milliards de dollars en 2011.
Le Japon est aussi le quatrième plus important partenaire du Canada en matière de commerce bilatéral de marchandises (deuxième en Asie derrière la Chine). Les exportations canadiennes de marchandises vers le Japon totalisaient 10,4 milliards de dollars en 2012, alors que les importations en provenance du Japon s'élevaient à 15,0 milliards de dollars. Les huiles et combustibles minéraux (charbon à coke principalement) constituaient les plus importantes exportations de marchandises du Canada vers le Japon, tandis que les véhicules, les pièces de véhicules, la machinerie et le matériel électrique et électronique étaient les principales importations canadiennes en provenance du Japon en 2012.