Le premier ministre Harper et le premier ministre d'alors M. Noda ont annoncé le lancement de négociations visant à conclure un accord de partenariat économique (APE), ou accord de libre-échange, à Tokyo, Japon, le 25 mars 2012 (voir communiqué de presse : Le PM annonce le lancement de négociations de libre-échange avec le Japon).
Cette annonce faisait suite à la publication le 7 mars 2012 d’une étude conjointe Canada-Japon examinant la faisabilité d’un accord de libre-échange. Cette étude soulève un large éventail de sujets qui pourraient faire l’objet de négociations dans le cadre d’un accord de libre-échange, incluant le commerce de marchandises et de services, l'investissement et la facilitation des échanges (voir Rapport de l’étude conjointe sur la possibilité d’un accord de partenariat économique Canada-Japon). L’étude examine l’approche de chacun des pays sur ces sujets ainsi que leurs points communs. L’étude conjointe fait également état des gains économiques importants qu’engendrerait un APE avec le Japon. L'étude prévoit un gain potentiel du produit intérieur brut de l’ordre de 4 milliards $US pour le Canada et pour le Japon résultant d’un accord de libre-échange. Les résultats de l’étude démontrent que la relation économique Canada-Japon renferme encore un grand potentiel inexploité.
Annoncée le 29 octobre 2012 par l’honorable Ed Fast, ministre du Commerce international et ministre de la porte d’entrée de l’Asie-Pacifique, la première ronde de négociations a eu lieu à Tokyo la semaine du 26 novembre 2012 (voir le communiqué intitulé : Le gouvernement Harper s’apprête à lancer une première série complète de négociations commerciales avec le Japon). Au terme d’une série de négociations constructives, des progrès ont été réalisés dans de nombreux domaines. Le Canada se prépare pour une deuxième ronde de négociations qui aura lieu au début du printemps 2013, à Ottawa (voir le communiqué intitulé : Le Canada et le Japon concluent une première série de négociations commerciales constructives).